Zum einen gibt es die Möglichkeit, dass die Magenwand verletzt werden kann beim Einsetzen des Magenballons, da dieser unter Zuhilfenahme bestimmter Instrumente durch den Mund entlang der Speiseröhre bis zur Magenöffnung geführt werden muss.
Eine zweite mögliche Komplikation nach einer Magenballon Behandlung ist das Platzens des Magenballons im Magen. Auch dies ist äußerst selten, doch wenn es passiert, muss schnellstmöglich ein Arzt konsultiert werden, damit es nicht zu einem Darmverschluss kommen kann, wenn die Überreste des Magenballons ihren Weg durch den menschlichen Körper fortsetzen. Sollte es zu einem Darmverschluss kommen, wäre eine weitere Operation von Nöten.
Eine der am häufigsten vorkommenden Komplikationen ist das Auftreten von Übelkeit und Erbrechen in den ersten Tagen bis Wochen nach Einsetzen des Magenballons, da sich der Körper beziehungsweise Magen zunächst an den Magenballon als Fremdkörper gewöhnen muss. Diese Übelkeit kann je nachdem präventiv vermieden oder medikamentös gelindert werden. Eine Verletzung der Magenschleimhaut durch den Magenballon kann zudem zu Geschwüren, Blutungen oder sogar Magenperforation führen und allgemein zu damit einhergehenden Schmerzen.
Da der Körper in den ersten Tagen bis Wochen nach der Magenverkleinerung weiterhin die für ihn gewohnte Menge an Nahrung verlangt, kann es dazu kommen, dass sich der Mageninhalt wegen des geringeren Fassungsvermögens des Magens bis in die Speiseröhre rückstaut und zu Sodbrennen oder im Extremfall zu einer Entzündung der Schleimhaut der Speiseröhre führt. Dagegen können Magensäure hemmende Medikamente Abhilfe schaffen.
Insgesamt gibt es folglich auch beim Einsetzen eines Magenballons, so wie bei jeder anderen Operation auch, Komplikationen, die mehr oder minder schwerwiegend ausfallen können und von Mensch zu Mensch verschieden stark ausgeprägt vorkommen können. Diese möglichen Komplikationen und weitere Fragen zum Magenballon sollten vorher mit dem Arzt besprochen werden.